Успехи перонистов на выборах обострили отношения между президентом Фрондиси и военными. В ряде случаев ему удалось избежать прямых конфликтов, стравливая между собой различные группы военных. Однако в марте 1962 вооруженные силы низложили президента; его пост занял председатель сената Хосе Мария Гидо. Следующие полтора года в экономике страны и в политике царил хаос. Курс песо резко упал, программы инвестиций были свернуты. В это время происходила борьба между различными группировками военных, и в сентябре 1962 имели место даже вооруженные стычки между группами т.н. «синих» и «красных». Верх взяла более умеренная группировка «синих», руководители которой пообещали провести новые выборы в 1963 и дали понять, что готовы допустить перонистов к участию в выборах.

На выборах 1963 фракция Непримиримых радикалов, которой руководил экс-президент Фрондиси, выступила в коалиции с перонистами. Однако несколько кандидатов от этой коалиции были отклонены правительством; в ответ на это Перон и Фрондиси призвали избирателей голосовать незаполненными бюллетенями, но их призыву последовало всего ок. 15% голосовавших. В результате победили Народные радикалы, собравшие 25% голосов, их лидер, Артуро Умберто Ильиа, занял пост президента.

Состоявшиеся выборы (хотя исключение из списков кандидатов перонистов и вызывало некоторые сомнения в их законности) все же способствовали установлению в стране какого-то спокойствия. Однако после провала попыток президента справиться с инфляцией его популярность пошла на убыль. Другое мероприятие правительства – отмена заключенных режимом Фрондиси контрактов с иностранными нефтяными компаниями на разработку нефтяных ресурсов Аргентины – было встречено с одобрением. В результате Аргентина из страны, экспортирующей нефть (хотя и в небольших количествах), стала крупным импортером нефти.