Успехи перонистов на выборах обострили отношения между президентом Фрондиси и военными. В ряде случаев ему удалось избежать прямых конфликтов, стравливая между собой различные группы военных. Однако в марте 1962 вооруженные силы низложили президента; его пост занял председатель сената Хосе Мария Гидо. Следующие полтора года в экономике страны и в политике царил хаос

Кандидату Гражданского радикального союза непримиримых Артуро Фрондиси удалось получить поддержку перонистов, и он вступил на пост президента в мае 1958. Фрондиси прилагал большие усилия к оздоровлению экономики и объединению сторонников Перона в легальное политическое образование. Он разработал и ввел в действие двучленную программу стабилизации цен и развития экономики; после того как правительство приняло большую часть антиинфляционной программы Международного валютного фонда, страна получила финансовую помощь МВФ и США. Многие антиинфляционные меры шли вразрез с предвыборными обещаниями; например, правительство решилось снова допустить в страну иностранные нефтяные компании и поощряло иностранные инвестиции в промышленность

За время существования режима Перона неоднократно предпринимались попытки его свержения. К наиболее серьезным относится восстание, которое произошло незадолго до переизбрания Перона в сентябре 1951, беспорядки на флоте в июне 1955 и движение, которое закончилось свержением Перона в июне 1955. Это движение возглавили офицеры военно-морского флота и некоторые представители ВВС; к нему присоединились также некоторые армейские подразделения из внутренних частей страны, в частности в Кордове. Когда флот стал угрожать обстрелом Буэнос-Айреса, Перон покинул страну, и власть перешла в руки мятежников

После официального вступления на пост президента 4 июня 1946 Перон принял все меры, чтобы предотвратить возможную угрозу своей власти. Одной из этих мер было введение строгого правительственного контроля над всеми группировками и организациями. Жена Перона, Эва Дуарте де Перон (более известная под именем Эвиты), пользовалась большим влиянием среди аргентинских рабочих. С ее помощью Перон сумел избавиться практически от всех профсоюзных лидеров, не исключая и тех, кто помог ему достичь власти

Новый курс стал проводиться в жизнь с ноября 1943, когда Перон был назначен на вновь созданный пост министра труда и социального обеспечения. Перон начал поощрять рост профсоюзного движения и добиваться от предпринимателей признания профсоюзов и трудового законодательства. Рабочие горячо поддержали Перона. Даже профсоюзные руководители, поначалу относившиеся к нему настороженно, обнаружили, что члены их союзов настаивают на сотрудничестве с министром труда