После официального вступления на пост президента 4 июня 1946 Перон принял все меры, чтобы предотвратить возможную угрозу своей власти. Одной из этих мер было введение строгого правительственного контроля над всеми группировками и организациями. Жена Перона, Эва Дуарте де Перон (более известная под именем Эвиты), пользовалась большим влиянием среди аргентинских рабочих. С ее помощью Перон сумел избавиться практически от всех профсоюзных лидеров, не исключая и тех, кто помог ему достичь власти. Их заменили преданные сторонники Перона. ВКТ практически сделалась придатком правительства.

В 1949 Перон ввел в стране новую конституцию, в соответствии с которой права президента значительно расширились, а федеративная система была упразднена. К концу правления Перона в руках перонистского правительства находились все средства массовой информации. Были внесены изменения в закон о выборах, имевшие целью сделать невозможным образование каких-либо антиперонистских коалиций, а избирательные округа были перекроены таким образом, чтобы обеспечить правительственной партии по крайней мере две трети мест в палате депутатов; лидеры оппозиционных партий подвергались преследованиям.

Экономическая политика правительства Перона была направлена на развитие промышленности. Правительственная организация – Аргентинский институт производства и обмена – получила монопольное право на закупку и экспорт продукции земледелия и животноводства. До последних лет существования режима цены на сельскохозяйственную продукцию удерживались на очень низком уровне, несмотря на высокие цены на мировом рынке. Получаемая прибыль направлялась на субсидии, позволяющие снизить цены на продовольствие на внутреннем рынке, на развитие промышленности, на укрепление и усовершенствование вооруженных сил; часть средств оседала в карманах чиновников.

Перон национализировал некоторые предприятия, принадлежавшие иностранцам. Он использовал часть валютных запасов, хранившихся в аргентинских филиалах банков Великобритании и Франции, на покупку железных дорог – собственности английских и французских компаний. Перон выкупил в США телефонную сеть и экспроприировал без выплаты компенсаций некоторые другие коммунальные предприятия, находившиеся в американской собственности.

В последние три года своего пребывания у власти Перон был крайне обеспокоен галопирующей инфляцией и спадом производства практически во всех отраслях экономики Аргентины. Пытаясь ограничить рост заработной платы при одновременном замораживании цен, он способствовал привлечению иностранных капиталовложений, особенно в нефтяную промышленность.