Своеобразными чертами отличается горная фауна Анд. Она включает много эндемичных животных, не встречающихся в восточной части материка.

По всей горной области распространены южноамериканские представители семейства верблюдовых — ламы. Известны два вида диких лам — вигонь (викунья — Vicugna vicugna, ) и гуанако (Lama guanicoe, ). В прошлом индейцы на них охотились из-за мяса и шерсти. Гуанако водилась не только в горах, но и на Патагонском плоскогорье и в Пампе. Сейчас дикие ламы встречаются редко. Индейцы в Андах разводят два домашних вида лам — собственно ламу и альпаку. Ламы — крупные и сильные животные, используются в качестве вьючных животных на труднопроходимых горных дорогах, их молоко и мясо употребляют в пищу, а из шерсти делают грубые ткани. Альпаку (Lama pacos) разводят только из-за ее мягкой шерсти.

В Андах обитают также очковый медведь, некоторые сумчатые. Раньше были широко распространены маленькие эндемичные грызуны шиншиллы (Chinchilla). Их мягкий, шелковистый мех серого цвета считался одним из лучших и дорогих мехов. Поэтому в настоящее время численность шиншиллы сократилась в значительной степени.

Птицы представлены в Андах эндемичными горными видами тех же родов и семейств, которые распространены на востоке материка. Из хищных интересен кондор (Vul griphus) — самый крупный представитель этого отряда.

Необычайным своеобразием отличается фауна вулканических Галапагосских островов, в ее составе основное место принадлежит крупным рептилиям — исполинским сухопутным черепахам и морским ящерам (игуанам). Много также различных птиц, среди которых есть представители как тропической, так и антарктической орнитофауны (попугаи и пингвины, заносимые холодным течением, бакланы и др.). Среди немногочисленных млекопитающих можно назвать ушастых тюленей, некоторых грызунов и летучих мышей. Домашние животные (козы, собаки, свиньи) были завезены на острова и одичали.

В результате уничтожения мест обитания численность многих видов животных сократилась. В настоящее время в Южной Америке под угрозой исчезновения находятся 161 вид млекопитающих, 269 видов птиц, 32 вида пресмыкающихся, 14 видов земноводных и 17 видов рыб.

Для охраны животных, растений и экосистем в целом создаются заповедники и охраняемые территории других категорий. В 2002 г. в Южной Америке насчитывалось 706 охраняемых территорий пяти категорий МСОП, занимающих площадь почти в ИЗ млн га. Среди самых известных национальных парков можно назвать «Лос-Гласьярес» в Аргентине, «Игуасу» в Бразилии и Аргентине, «Итатья» в Бразилии, «Висенте-Перес-Росалес» в Чили и др. Биосферный заповедник создан также на Галапагосских островах.